Berdasarkan Peraturan Badan Karantina Indonesia Nomor 2 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Indonesia
Struktur Organisasi ini menyajikan inti kepemimpinan Balai Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan (BKHIT) Kepulauan Riau. Dipimpin oleh Kepala Balai sebagai penanggung jawab tertinggi, dan dibantu oleh Kepala Subbagian Umum dalam hal pengelolaan sumber daya dan administrasi. Posisi-posisi ini menjadi kunci dalam menggerakkan seluruh fungsi perkarantinaan di wilayah Kepulauan Riau.
