Satuan Pelayanan Karantina Kalimantan Timur merupakan unit pelayanan teknis yang berada di bawah Balai Besar Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan Kalimantan Timur (BBKHIT). Satuan pelayanan memberikan layanan pengawasan dan tindakan karantina hewan, ikan, dan tumbuhan di berbagai pintu masuk dan keluar di wilayah Kalimantan Timur seperti Balikpapan, Samarinda, Bontang, dan Berau sebagai berikut.
Balikpapan
- Bandara Internasional Sultan Aji Muhammad Sulaiman
- Pelabuhan Laut Semayang
- Pelabuhan Laut Kariangau
Samarinda
- Bandara APT Pranoto
- Pelabuhan Sungai Samarinda
Bontang
- Pelabuhan Laut Loktuan
Berau
- Pelabuhan Berau
