Visi
Menjadi Karantina yang Kuat dalam Melindungi Kelestarian Sumber Daya Alam Hayati yang Memakmurkan Kehidupan Masyarakat Untuk Mewujudkan “Indonesia Maju yang Berdaulat, Mandiri,dan Berkepribadian berlandaskan Gotong Royong”.
Misi
- Menyelenggarakan system perkarantinaan yang holistik dan terintegrasi melalui kebijakan yang efektif serta layanan perkarantinaan yang professional untuk melindungi sumber daya alam hayati;
- Membangun keterlibatan masyarakat dalam penyelenggaraan perkarantinaan;
- Membangun Tata Kelola Badan Karantina Indonesia yang bersih, efektif, dan terpercaya.